การทำ alignment และสร้าง phylogenetic tree ของเชื้อ dengue virus strain 16681 โดยเทียบเคียงกับ reference sequence ของ dengue virus serotype 1-4 ด้วยโปรแกรม MEGA 4.0.2
โดย นพ. ถกล เจริญศิริสุทธิกุล
1. เปิดโปรแกรม MEGA 4.0.2 ไปที่ alignment เลือก Alignment Explorer/CLUSTAL
2. เลือก Retrive sequences from a file เพื่อเลือก sequence ที่ต้องการจะมาทำการ analyze ผล
3. เลือก Alignment ClustalW
4. เลือก sequence ที่ต้องการทำ alignment หลังจากนั้นโปรแกรมจะทำการ alignment ให้ และ save file ให้อยู่ในรูป MEGA format เพื่อที่จะนำไปใช้ในการสร้าง phylogenetic tree ต่อไป
5. เปิด file MEGA format ที่จะนำมาสร้าง phylogenetic tree
6. เลือก Phylogeny แล้วเลือก Construct Phylogeny เลือก Neighbor-Joining (NJ)
7. โปรแกรมจะแสดงค่าต่างๆนำมาใช้ในการสร้าง phylogenetic tree
8. จะได้ phylogenetic tree ตามที่ต้องการ จะเห็นได้ว่า dengue strain 16681 มีความใกล้เคียงกับ dengue serotype 2 มากที่สุด
โดยสรุปโปรแกรม MEGA 4.0.2 เป็น bioinformatic tool ที่มีประโยชน์หลายอย่าง หนึ่งในนั้น คือ กรทำ multiple alignment ของ sequence ที่เราสนใจศึกษา และยังสามารถนำผลการ alignment มาสร้าง phylogenetic tree ได้อีกด้วย ซึ่งมีประโยชน์อยางมากในการศึกษาวิจัยที่เกี่ยวข้องกับการจัดกลุ่ม และดูความเกี่ยวข้องกันของสิ่งมีชีวิตต่างๆ โดยอาศัยความสันพันธ์ในลำดับเบสของสารพันธุกรรม
ไม่มีความคิดเห็น:
แสดงความคิดเห็น